Yahoo知恵袋でこんなやり取りを見かけました。

質問：

サンフランシスコから国内線への乗り継ぎサンフランから成田空港に降りる予定なのですが、そこから熊本行きの国内線に乗り継いだ場合にディスカウントみたいなのがあるときいたのですが、大体いくらになるのですか？成田空港から熊本空港への路線はあるかどうかも不明なのですが。よろしくおねがいします。

興味深いですね。

こんな回答がされていました。

回答：

何処でどのようなチケットを買う心算なのか分からないのではっきりとは答えられないのですが、一般的には国内線のディスカウントは存在します。熊本 結婚相談所ただし指定便でその他の便に変更が不可であったり、行き先に制限があったりします。
また同時購入でなければ割引にならない事が殆どです。このような条件のもとで、成田（もしくは羽田）から九州までで片道１万円ほどの場合が多いです。

旅行会社で購入される場合は、そちらに御相談されるのが良いかと思います。

航空会社から直接購入の場合には、区間を入れて料金検索すれば熊本までの料金がある場合には、国内線込みの料金で表示されるようになっています。成田から熊本への便は、残念ながら存在しません。
また他の方の言われるような経由便は、割引国内線の場合には対象外となります。
成田からであれば国内線に乗るために羽田に移動するよりは、成田から福岡へ移動して福岡からバスで熊本へ行った方が便利なような気がします。

福岡空港から本数は少ないながら、熊本のバスセンターまで直接行くことも可能です。http://www.nishitetsu.co.jp/default.htm時刻はこちらでご覧になってください。
熊本市内が目的地であるのなら、こちらのルートをお勧めします。

少しは参考になりましたでしょうか